Diterangkan: Coronavirus bermutasi berbanding ujian, vaksin

Vaksin dan ujian coronavirus vs Covid-19 baharu: Varian coronavirus yang beredar di UK ditakrifkan oleh banyak mutasi. Yang manakah menjadi kebimbangan khusus? Mengapa WHO menasihatkan bahawa ia mungkin mengelak beberapa ujian PCR, dan bolehkah ia memberi kesan kepada vaksinasi?

Satu fail vaksin Pfizer-BioNTech Covid-19 di Hospital Guy di London. Walaupun virus telah bermutasi di beberapa kawasan, kebanyakan vaksin menyasarkan beberapa bahagian. (Foto AP: Frank Augstein)

Dalam maklumat yang muncul tentang varian baharu coronavirus SARS-CoV-2 yang beredar di UK, satu mutasi telah menjadi perhatian khusus. Varian itu, yang dipanggil VUI 202012/01 dan dilaporkan mampu menghantar lebih pantas di kalangan orang, ditakrifkan oleh sebanyak 14 mutasi dan tiga pemadaman dalam bahan genetiknya. Yang menjadi perhatian khusus ialah satu mutasi, N501Y. Walaupun potensi varian untuk memberi kesan kepada keputusan ujian dan vaksinasi masih dikaji, pihak berkuasa kesihatan sebahagian besarnya optimis bahawa kebanyakan ujian dan vaksin masih akan berfungsi.

Apakah mutasi?

Mutasi bermaksud perubahan dalam bahan genetik. Dalam virus RNA seperti SARS-CoV-2, protein dibuat daripada urutan asid amino. Virus sedemikian mengandungi kira-kira 30,000 'pasangan asas', yang seperti batu bata yang diletakkan bersebelahan antara satu sama lain untuk membentuk struktur. Perubahan dalam pangkalan ini boleh menjadi mutasi, mengubah bentuk dan tingkah laku virus dengan berkesan.

Dalam varian UK, satu mutasi telah menjadikan virus lebih cenderung untuk mengikat dengan protein manusia yang dipanggil reseptor. Ini dipanggil N501Y.

Apakah N501Y?

Dalam perkataan mudah, asid amino yang diwakili oleh huruf N, dan hadir pada kedudukan 501 dalam struktur genetik coronavirus, telah digantikan dalam kedudukan itu dengan asid amino lain, diwakili oleh Y. Kedudukan di mana perubahan ini telah berlaku adalah dalam domain pengikat reseptor spike protein. (Ia adalah protein spike virus yang mengikat dengan reseptor manusia.)

Oleh itu, mutasi telah meningkatkan pertalian mengikat coronavirus. Virus bermutasi dilaporkan menyumbang 60% daripada jangkitan baru-baru ini di London.

Menurut pangkalan data Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID), mutasi yang sama dalam domain pengikat reseptor telah dilaporkan secara bebas di beberapa negara termasuk Afrika Selatan dan Australia. Analisis jujukan telah menunjukkan bahawa mutasi ini berasal secara berasingan di UK dan Afrika Selatan.

Bagaimana pula dengan mutasi coronavirus yang lain?

Mutasi adalah perkara biasa, tetapi kebanyakannya tidak menyebabkan perubahan dalam struktur protein yang dikodkan - ini dipanggil mutasi 'sinonim', kerana ia akhirnya diterjemahkan kepada asid amino yang sama. Jenis lain ialah mutasi 'tidak sinonim', yang boleh mengakibatkan perubahan asid amino.

Dalam varian yang beredar di UK, terdapat enam perubahan sinonim dan empat belas mutasi bukan sinonim. Di samping itu, terdapat tiga 'penghapusan' - asid amino dikeluarkan daripada urutan.

Menurut Pertubuhan Kesihatan Sedunia (WHO), selain daripada N501Y, mutasi yang mungkin mempengaruhi kebolehtransmisian virus pada manusia ialah P681H dan HV 69/70.

Dan apakah itu P681H dan HV 69/70?

P681H : Mutasi ini telah berlaku dalam asid amino yang terdapat pada 681 — satu lagi kedudukan dalam domain pengikat reseptor. Di sini asid amino P telah digantikan dengan H. Pusat Kawalan Penyakit (CDC) AS telah menyatakan bahawa ini adalah tapak dengan kebolehubahan yang tinggi dalam coronavirus, dan mutasi khusus ini juga telah muncul secara spontan beberapa kali. WHO telah mengatakan mutasi ini mempunyai kepentingan biologi.

Para penyelidik sebelum ini telah menunjukkan bahawa mutasi ini boleh menggalakkan kemasukan ke dalam sel epitelium pernafasan dan penghantaran dalam model haiwan.

Sampel terbaru yang disusun di Pusat Kecemerlangan Afrika untuk Genomik Penyakit Berjangkit, Universiti Penebus, Nigeria telah menunjukkan jujukan P681H di sana. Walau bagaimanapun, penyelidik mengatakan bahawa pada masa ini, mereka tidak mempunyai bukti untuk menunjukkan bahawa varian P681H menyumbang kepada peningkatan penularan virus di Nigeria.

HV 69/70 : Mutasi ini adalah hasil daripada penghapusan asid amino pada kedudukan 69 dan 70. Kedudukan ini sekali lagi berada dalam protein spike virus. Pemadaman ini telah diperhatikan di Perancis dan Afrika Selatan juga. CDC telah berkata : Pemadaman berganda ini telah berlaku secara spontan berkali-kali, dan berkemungkinan membawa kepada perubahan dalam bentuk (iaitu, perubahan konformasi dalam) protein spike.

Penyelidik bagi pihak COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK), yang menandakan varian baharu di UK, telah berkata dalam laporan awal mereka bahawa pemadaman ini juga dilihat dalam wabak yang berkaitan dengan cerpelai di Denmark. Pada manusia, pemadaman ini telah dikaitkan dengan mutasi lain, N439K, yang sekali lagi berlaku domain pengikat reseptor.

WHO telah menekankan bahawa pemadaman ini boleh menjejaskan prestasi beberapa ujian RT-PCR yang mengesan novel coronavirus.

Bagaimanakah ia boleh menjejaskan ujian RT-PCR?

WHO telah berkata bahawa pemadaman pada kedudukan 69/70 didapati menjejaskan prestasi beberapa ujian PCR diagnostik yang menggunakan 'sasaran gen S' (dalam 'S' atau protein spike). Walau bagaimanapun, WHO juga telah berkata, kebanyakan ujian PCR di seluruh dunia menggunakan berbilang sasaran dan oleh itu kesan varian terhadap diagnostik tidak dijangka menjadi ketara.

CDC juga telah mengatakan bahawa kebanyakan ujian PCR komersial mempunyai berbilang sasaran di mana mereka mengesan virus, jadi walaupun mutasi memberi kesan kepada salah satu sasaran, sasaran PCR yang lain akan tetap berfungsi.

Malah, jangkitan yang dicetuskan oleh strain baru di UK, juga, telah dikesan oleh ujian RT-PCR konvensional.

Makmal yang menggunakan ujian PCR dalaman yang menyasarkan gen S virus juga harus mengetahui isu yang berpotensi ini. Untuk mengehadkan kesan ke atas kapasiti pengesanan di negara-negara, pendekatan menggunakan ujian berbeza secara selari atau ujian multipleks yang menyasarkan gen virus yang berbeza juga disyorkan untuk membolehkan pengesanan varian yang berpotensi timbul, WHO telah mengesyorkan.

Adakah ia akan memberi kesan kepada pembangunan vaksin?

CDC berkata vaksin yang diluluskan oleh Pentadbiran Makanan dan Ubat-ubatan AS (FDA) adalah poliklonal, menghasilkan antibodi yang menyasarkan beberapa bahagian protein spike.

Virus itu mungkin perlu mengumpul pelbagai mutasi dalam protein spike untuk mengelakkan imuniti yang disebabkan oleh vaksin atau oleh jangkitan semula jadi, katanya.

Dan WHO telah berkata: Kajian makmal sedang dijalankan untuk menentukan sama ada virus varian ini mempunyai sifat biologi yang berbeza atau mengubah keberkesanan vaksin. Tiada maklumat yang mencukupi pada masa ini untuk menentukan sama ada varian ini dikaitkan dengan sebarang perubahan dalam keterukan penyakit klinikal, tindak balas antibodi atau keberkesanan vaksin.

Kongsi Dengan Rakan Anda: